延续第一季的设定，IS学院迎来了一位来自月面基地的转学生——自称“人类进化终端”的少女艾丽西亚。她驾驶着从未登记过的黑色IS机体，声称要“清除所有旧人类”。与此同时，一夏的姐姐千冬揭露了一个惊天秘密：IS机体的核心能源“核心元件”，其实全部来自一艘坠毁在地球的外星飞船，而艾丽西亚才是那艘飞船原本的主人。为了对抗艾丽西亚的“净化计划”，一夏必须与五位来自不同国家的代表候补生进行“深层精神同步”——一种需要完全信任对方、毫无保留的驾驶方式。然而这五位少女本就为了一夏争风吃醋，要在战斗中交出后背已经是极限，更别提她们各自的国家也在暗中向她们施压，要求夺回外星科技。第二季的战场将从学院扩展到月球背面。
作为续作保留了前作爽快的机甲战斗，情感线进一步升级，每集都是修罗场。世界观扩展得更加宏大，外星文明的介入让故事有了新的悬念。粉丝向作品，但路人也能看个热闹。
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